为了全面适应现代化建设对各类人才培养的需要，南京大学按照“综合性、研究型、国际化”建设世界高水平大学的要求，积极探索高素质创新人才培养规律。根据教育教学的基本规律,提出了“三个融为一体”的人才培养新思路，即在人才培养中“融业务培养与素质教育为一体,融知识传授与能力培养为一体，融教学与科研为一体”。通过强化基础、分流培养和早期科研训练等教学模式，着力培养学生的创新精神和实际工作能力。
根据现代社会发展要求，确立了富有特色的两类人才培养模式和体系。基础性人才培养按照“以重点学科为依托，按学科群打基础,按一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”培养科学研究人才；应用性人才培养按照“拓宽基础、加强应用、分流培养”的原则,通过选读副修专业、一本一专、第二学士学位以及参与创新基地实践和产学研合作教育等途径培养各类适应社会发展的复合型应用人才。为了持续提高教学质量，南京大学积极开展课程建设,改革教学内容和课程体系。按照“面向前沿、反映现代、重组基础、综合交叉”的改革思路，积极推广以信息化为特征的课程建设。通过创建“国家级精品课程”、省级“优秀课程”,促进教学改革和课程建设不断深化。“十五”期间，南京大学共获得国家级教学成果一等奖2 项，二等奖19 项。有5 位教授获得国家级教学名师奖。南京大学现有国家级精品课程21 门，国家理科基地名牌课程23 门，省级重点建设优秀课程64 门，校级精品课程120 门。有35 种教材被教育部确定为面向21 世纪课程教材，校级网络课程300 多门。这些优秀课程的建设全面提升了课堂教学质量，起到了很好的示范、辐射和带动作用。
南京大学是国家首批“大学生创新性实验计划”试点高校和国家大学生文化素质教育基地，学校以加强文化素质教育为切入点，全面推进素质教育：大力加强文化素质教育课程建设，每学期开出l40 多门文化素质教育课程；不断改革文化素质教育手段和方法，编写文化素质教育教材30 余种，出版文化素质教育光盘35 部，开设文化素质教育网上课程；对学生选修文化素质教育课程作出规定，要求在大学本科阶段必须选修l4 个学分的文化素质教育课程。
树立“以人为本”的教学管理思想，积极探索并建立科学的管理机制：一是为富有创造能力的学生，单独制定学习计划；二是允许一、二年级学生根据自己的兴趣、爱好、志向，重新选择专业，为学生的发展提供新的空间；三是鼓励学生跨专业选课，跨学科做学年论文和毕业论文；四是改革传统的考试内容和方式，按照“全面考核”的新要求考察学生综合知识、技能的掌握和素质提高状况；五是建立较为完整的教学质量监控体系，体现教学管理的民主化与个性化，保证教学质量稳定、持续提高。
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