跨入新世纪后，南京大学抓住历史发展机遇，结合创建世界一流大学、推进本科教育质量工程以及迎接教育部本科教学评估，进一步创新人才培养理念和思路。在2005年校庆期间召开的南京大学本科教育工作会议上，校党委书记洪银兴教授提出要把本科生教育作为创建世界一流大学的重要组成部分，具体体现为“四个一流”的人才培养指导思想，即：一流的研究型大学必须有一流的本科生教育；一流的学生应该得到一流的培养；一流的教师要进入本科生课堂；一流的毕业生必须得到一流的就业岗位或就学深造。

2006年，结合教学思想大讨论和迎评创建，在继承和发扬我校教学传统的基础上，学校又进一步凝练并实施“四个融通”的人才培养新思路， “学科建设与本科教学融通”就是强调南京大学作为研究型大学，要充分发挥学科建设与本科教学的相互促进作用，充分依据和利用学科建设优秀的师资队伍、高水平的学术成果与一流的科研设施与条件为本科教学和人才培养提供支撑和服务，引领学生尽早进入学科前沿，促进学研相长，从内涵上提高人才培养质量；“通识教学与个性化培养融通”就是要强调既要注重本科基础阶段全面的科学与人文素质教育，形成高尚的道德素养、宽厚的知识面、敏锐的思维与判断力，同时又要注重学生个性化的选择和培养，为学生自主构建知识体系和模块搭建平台：“拓宽基础与强化实践融通”，强调基础知识的掌握、基本素养的形成和实践能力及创新精神培养的辩证统一，通过丰富的社会实践和系统的创新训练，加强学生对所学知识理解与应用以及对社会和科学研究的感悟、开拓学生的视野，夯实学生的基础；“学会学习与学会做人融通”，强调按照当前建设创新型国家和构建学习型社会的要求出发，一方面既要引导学生掌握科学的学习方法、思维方法和研究方法，着重培养学生形成较强的自我获取知识的能力和终身学习的能力，另一方面也要注重体现人的全面发展观，着重培养学生的社会责任感、诚信意识、团队意识和奉献精神，努力使学生成人成才。