2006 年荣获国家自然科学一等奖；近10 年来取得国家自然科学二等奖12 项，名列大陆高校第一。

    在最能反映基础研究水平的SCI 论文榜上曾经在我国大学中领跑7 年；近年在国际顶尖杂志和发表的论文数全国第一。

    《中国思想家评传丛书》(200 部)2007 年荣获我国出版界最高奖“中国出版政府奖”。

二、人才培养

    250 多位院士在南京大学学习或工作过；在南京大学的本科毕业生中，已有166 人当选为两院院士；中共中央、国务院表彰的23 位“两弹一星功勋”中有6 位是南京大学校友。

    成功合成世界首例人工胰岛素和酵母丙氨酸转移核糖核酸的科学家、第一面五星红旗的设计者、新中国第一架战斗机和第一艘核潜艇核动力的总设计师均出自南京大学；培养了我国第一个古代文学博士、第一个计算机软件博士、第一个构造地质学博士、第一个矿床学博士、第一个自然地理学博士和第一个世界地区史、国别史博士；《实践是检验真理的唯一标准》一文出自南京大学教师之手。

    据不完全统计，先后担任国家部省级以上领导的校友有100 多位。其中有：前中共中央总书记江泽民、全国人大常委会副委员长彭珮云、全国政协副主席丁光训、前全国政协副主席朱光亚、全国人人常委会副委员长许嘉璐、全国人人常委会副委员长民盟中央主席蒋树声、全国政协副主席孙家正、商务部部长陈德铭、外交部部长杨洁篪、北京市市长郭金龙、人民日报社副总编陈俊宏、国务院副秘书长项兆伦、解放军报社社长王梦云、新闻出版总署副署长邬书林、司法部副部长张苏军、教育部副部长赵沁平、中国科协副主席符淙斌、中国银监会副主席蒋定之、国家档案局局长杨冬权、国家宗教局副局长蒋坚永、云南省副省长顾朝曦、广两壮族自治区副主席吴恒、海南省副省长林方略、江苏省副省长黄莉新、联合国副秘书长沙祖康、中国驻德国大使马灿荣??。

三、社会评价

    上海交大“世界大学学术排名”，位居国内高校第二。

    2007 中国高校知识创新贡献力排行榜，位居国内高校笫二。

    2007 中国高校杰出青年基金获得者校友排行榜，位居国内高校第二(101 名)。

    中国校友会网2007 中国高校科技贡献力排行榜，位居国内高校第四。

    英国伦敦泰晤士报大学排行，位居全球大学第125 位，居中国内地高校第四。

    2002 年、2003 年、2004 年、2005 年、2007 网大中国大学排行榜，位居国内高校第三。