发表论文数量和质量的“第一”。据统计，1992年以来，南京大学被国际权威的科研检索资料《科学引文索引》（SCI）收录的论文数曾经连续7年位居中国大陆高校首位，被引用论文数也曾连续8年位居中国大陆高校第一。10余年来，南京大学共获国家级和省部级奖励800余项，其中国家自然科学奖、国家科技进步奖、国家技术发明奖40余项。
获得国家表彰的科研成果名列前茅。2000年以来，共获得国家自然科学一等奖1项，国家自然科学二等奖12项,国家科技进步二等奖2项，国家技术发明二等奖1项，国家图书奖7项，教育部哲学社会科学研究优秀成果一等奖1项、二等奖10项。从1994年以来，南京大学获得的国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目等，在全国高校中名列前茅。
高水平的研究团队。特别需要指出的是，目前南京大学已经建立起一支具有较高水平的教师队伍，并在此基础上催生出了若干创新团队，他们已经成为学校自主创新的骨干力量。与此同时，南京大学特别重视学术团队建设，创立“大师＋团队”模式，目前已经拥有7个国家自然科学基金委遴选的“优秀创新研究群体”。以凝聚态物理学术团队为例，该研究群体目前有5位院士，6位“长江学者奖励计划”特聘教授，7位“国家杰出青年基金”获得者。优秀的学术团队催生了一系列创新成果，近几年来该团队有4篇论文发表在“Science”和“Nature”上；1项科研成果获国家自然科学一等奖，3项成果获国家自然科学二等奖；2项科研成果入选中国高校十大科技进展；3项科研成果入选中国基础研究十大新闻（1998，1999，2007）；3篇博士论文获全国优秀博士论文。
